Die Geschichte der Universität Mozarteum reicht bis ins Jahr 1841 zurück. Zum fünfzigsten Todestag von Wolfgang Amadé Mozart wurde der „Dom-Musik-Verein und Mozarteum“ zur Pflege anspruchsvoller Kirchenmusik gegründet.
1870 wurde die Internationale Mozartstiftung zur Förderung begabter Musiker*innen ins Leben gerufen, 1880 kam es zur Gründung der Öffentlichen Musikschule Mozarteum, welche 1881 von der Internationalen Mozartstiftung übernommen wurde, die zugleich ihren Namen in Internationale Stiftung Mozarteum änderte. Die Stiftung verwaltete neben der Musikschule ein Orchester (das spätere Mozarteum Orchester Salzburg) sowie einen Fonds zur Unterstützung talentierter und hilfsbedürftiger Musiker*innen.
1914 wurde die Öffentliche Musikschule Mozarteum zur eigenständigen Ausbildungsstätte und als Konservatorium mit Öffentlichkeitsrecht anerkannt. Aufgrund der schwierigen finanziellen Lage nach dem Ersten Weltkrieg kam es 1922 zur Verstaatlichung der Musikschule, 1939 wurde sie zur Staatlichen Hochschule Mozarteum, 1941 zur Reichshochschule Mozarteum umgewandelt. Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges wurde der größtenteils zum Erliegen gekommene Unterricht kontinuierlich wieder aufgenommen und das Mozarteum unter dem Titel Musikhochschule weitergeführt. Mit Beginn der 1950er Jahre kam es zur Gründung zahlreicher neuer Abteilungen, wissenschaftlicher Institute und Sonderlehrgängen, 1953 wurde die Musikhochschule zur Akademie für Musik und darstellende Kunst „Mozarteum“ in Salzburg erhoben. 1961 gründete der Komponist und Pädagoge Carl Orff auf Einladung des Präsidenten Eberhard Preussner das „Orff-Institut“ als Stätte der Elementaren Musik- und Tanzerziehung an der Akademie Mozarteum. Im Oktober 1963 konnte das neue Institut ein eigenes Haus nahe der Salzburger Frohnburg beziehen. Mit dem Inkrafttreten des Kunsthochschul-Organisationsgesetz (KHOG) im Jahr 1970 wurde die Akademie, gemeinsam mit den drei anderen österreichischen Kunstakademien, zur Hochschule für Musik und darstellende Kunst ernannt, eine Demokratisierung der Entwicklung und Erschließung der Künste. 1976 wurde die Abteilung für Bildende Künste (Gründungs-Name: Abteilung für Kunsterziehung) an der Hochschule Mozarteum gegründet und diese dadurch zur einzigen Kunsthochschule Österreichs, an der die drei Sparten Musik, Darstellende Kunst und Bildende Kunst gelehrt werden. 1998 erhält die ehemalige Musikschule den Universitätsstatus und trägt seitdem den Namen Universität Mozarteum Salzburg.
Gebäude
1914 erhielt das Mozarteum ein neues Gebäude in der Schwarzstraße 26 mit seinem Konzertsaal „Großen Saal“ (heute Stiftung Mozarteum), das 1910 bis 1914 vom Münchner Architekten Richard Berndl im Jugendstil erbaut und am 14. September 1914 von Erzbischof Dr. Kaltner eingeweiht wurde.
1979 entstand das Neue Mozarteum am Mirabellplatz: Neubau von Architekt Eugen Wörle an der Stelle des alten Borromäus am Mirabellgarten.
1998 erfolgte eine Generalsanierung.
2006 fand die Eröffnung des Neuen Hauses am Mirabellplatz 1, entworfen von Architekt Robert Rechenauer, statt.
27. Februar 2023: offizielle Grundsteinlegung der Universität Mozarteum am Kurgarten (UMAK), geplant durch das Architekturbüro Berger+Parkkinen. Geplante Eröffnung im Oktober 2025.
Geschichte Standort Innsbruck
Im Jahr 1981 wurde das Seminar für Musikpädagogik als Abteilung der damaligen Hochschule Mozarteum in Innsbruck eingerichtet, in der seit 1986 auch Instrumentalmusikerziehung angeboten wird. Im Jahr 2006 wurde in Kooperation mit dem Tiroler Landeskonservatorium Instrumental- & Gesangspädagogik als Studium eingerichtet. Im heutigen Department für Musikpädagogik - Standort Innsbruck belegen etwa 200 Studierende die musikpädagogischen Studien, in denen von renommierten Lehrkräften eine ausgewogene künstlerische, pädagogische und wissenschaftliche Ausbildung auf hohem universitären Niveau vermittelt wird. Absolvent*innen der angebotenen Studien sind zu einem großen Prozentsatz als Lehrende in Höheren Schulen und in Musikschulen in musikpädagogischen Berufen tätig, aber auch in der regionalen und überregionalen Kultur- und Bildungsszene etwa als ausübende Musiker*innen, Chorleiter*innen, Kapellmeister*innen und Kirchenmusiker*innen. Seit 2018 sind das Department für Musikpädagogik und ein Teil des Departments für Musikwissenschaft (Fachbereich Musikalische Ethnologie) am Standort Innsbruck im Haus der Musik im Zentrum Innsbrucks angesiedelt.
Seit dem Studienjahr 2016/17 hat auch das Department für Bildende Künste & Gestaltung einen Standort in Innsbruck. Zu diesem Zeitpunkt übernahm die Universität Mozarteum die Studienleitung für das Sekundarlehramt Bildnerische Erziehung im Entwicklungsverbund „Cluster West“ (Tirol und Vorarlberg). Das Studium wird gemeinsam mit den Pädagogischen Hochschulen Edith Stein, Tirol und Vorarlberg, sowie der Universität Innsbruck angeboten.