Die Sängerin Lilli Lehmann begann im Sommer 1916 mit privaten Gesangskursen in den Räumen des Mozarteums und begründet damit den Beginn der Internationalen Sommerakademie der Universität Mozarteum. 1925 ergänzte Willy Schweyda mit seiner Klasse die Akademie um einen ersten Violinkurs, 1929 wurde mit Unterstützung des Amerikaners Julian Freedman die Sommerakademie um Kurse in Klavier, Komposition, Dirigieren und Oper erweitert. In den Jahren 1930 bis 1937 führte man die Einrichtung als „Musikalische Sommerkurse“, von 1937 bis 1940 als „Mozarteums-Sommerakademie“ für Musik, Theater und Tanz und zwischen 1940 und 1944 als „Sommerakademie für Ausländer im Mozarteum“. Nach 1945 wurde sie von Bernhard Paumgartner neu organisiert, seit 1947 trägt sie den heutigen Namen „Internationale Sommerakademie Universität Mozarteum“. Ihre bisherigen Leiter waren Bernhard Paumgartner, Eberhard Preussner, Heinz Scholz, Robert Wagner, Paul Schilhawsky, Rolf Liebermann, Peter Lang, Paul Roczek, Alexander Müllenbach, Reinhart von Gutzeit, Siegfried Mauser und Wolfgang Holzmair.
Seit 2019 wird die Internationale Sommerakademie von Hannfried Lucke geleitet.
